Bila dibandingkan dengan pupuk organik lainnya, Bokashi memiliki beberapa keunggulan yaitu :
1.Kandungan unsur haranya sangat tinggi
2.Kandungan mikroorganisme yang menguntungkan ( Effective Microorganisms ), juga tinggi
3.Penyerapan oleh tanaman lebih cepat, karena pupuk dibuat melalui proses fermentasi
4.Proses pembuatannya relatif cepat. Waktu yang dibutuhkan kira-kira 4-7 hari
Bahan baku yang dibutuhkan antara lain : jerami padi, dedak, merang, sekam, limbah rumah tangga, sampah organik dan lain – lain. Semakin banyak jenis bahan organik yang digunakan, maka semakin banyak pula kandungan unsur hara dan mikroorganismenya.
Proses pembuatannya adalah sebgai berikut :
1.Siapkan lebih dulu larutan EM yang terdiri dari EM-4 dan Molas yang terlarut dalam air dengan konsentrasi 1-10 cc / liter air
2.Siapkan bahan baku dengan komposisi terdiri dari, 80 % bahan organik ; 10 % pupuk kandang dan 10 % dedak / bekatul
3.Siram perlahan dan merata larutan EM-4 ke seluruh campuran tersebut sampai kandungan airnya 30 % ( bila campuran/adonan dikepal dan air tidak keluar dan bila dilepas kembali adonanan akan megar )
4.Adonan digundukkan di atas ubin kering dengan ketebalan 15 – 20 cm, kemudian ditutup dengan karung goni selama 3-4 hari
5.Suhu diperiksa setiap hari. Suhu adonan harus terjaga tetap berkisar antara 40 – 50 derajat Celcius. Jika suhu lebih dari 50 derajat Celcius, bukalah penutupnya dan gundukan dibalik-balik agar suhu kembali turun mendekati 40 – 50 derajat Celcius. Pada suhu tinggi Bokashi menjadi rusak karena proses pembusukan. Periksa suhu setiap 5 jam sekali.
6.Proses fermentasi selesai setelah 4 – 7 hari, dan Bokashi siap digunakan sebagai pupuk organik